Der FCK wurde am 1. Juli 1907 gegründet. Bereits zuvor wirkten einige der Gründer des FCK im regionalen Fussball mit. Der grosse Bruder, der FC Luzern, war bereits im Jahr 1901 entstanden. In den turbulenten ersten Jahren gab es nicht nur Fussballbegeisterte, sondern auch solche, die enttäuscht von den Ergebnissen beim FC Luzern waren.

1907 verliessen einige deshalb den FCL und schlossen sich dem kleinen FC Helvetia an. Der FC Helvetia war einer von vielen Quartiervereinen, die sich später auflösten oder anderen Vereinen anschlossen.

Aus dem FC Helvetia heraus wurde der FCK am 4. Dezember 1907 im Restaurant Schmiedstube gegründet. Die Farben rot-schwarz standen bei der Gründungsversammlung schnell fest, aber länger dauerte die Entscheidung für einen Vereinsnamen, da sowohl Concordia, Blue Stars und Kickers zur Auswahl standen. Sportlich ging es im 20. Jahrhundert auf und ab. Auf grossartige Aufstiege folgten enttäuschende Relegationen.

2005 - 2015: 10 Jahre voller Emotionen

Im neuen Jahrtausend stieg der FC Kickers Luzern in der Saison 2004/05 nach 43 Jahren wieder in die höchste Amateur-Liga der Schweiz auf. Nach zwei turbulenten und interessanten Saisons in der 1. Liga, mit zwei ganz unterschiedlichen Gesichtern - musste sich der Verein wieder in die vierthöchste Liga begeben. Nach einigen spannenden Saisons in der 2. Liga interregional folgte ein Auf und Ab zwischen 2. Liga und 2. Liga Inter. Nach dem errungenen Regionalmeistertitel und dem damit verbundenen Aufstieg spielt man die Saison 2015/16 nun wieder in der 2. Liga interregional.